Vandens, visų pirma upių, teršimas ir toliau lieka opiausia Lietuvos ekologine problema. Tai akivaizdžiai rodo jau vien toks faktas, kad beveik pusę milijono gyventojų turintis Kaunas iki šiol neturi užteršto vandens valymo įrengimų. Nors dėl pastarųjų metų pramonės nuosmukio bei sumažėjus chemikalų vartojimui žemės ūkyje gerokai sumažėjo ir vandenų tarša, tačiau daugelio Lietuvos upių, taigi ir Kuršių marių būklė ir toliau lieka krizinė. Apskaičiuota, kad pastačius Kauno nuotekų valymo įrengimų bent mechaninę dalį ir biologinius Vilniaus, Šiaulių ir Klaipėdos valymo įrengimus, biologinė tarša Lietuvoje sumažėtų apie 70%. Taigi padėtis iš esmės pagerėtų, tačiau iki šių darbų pabaigos dar toloka. Nors buitinėms reikmėms Lietuvoje daugiausia vartojamas geros kokybės požeminis vanduo, tačiau kaimo vietovėse vartojamas negilių šulinių vanduo gana dažnai yra užterštas nitratais gerokai virš leistinų normų. Ir toliau rimta problema yra ežerų bei Kuršių marių ir Baltijos jūros eutrofikacija. Nors mažiau vartojant mineralinių trąšų gerokai sumažėjo biogeninių medžiagų išplovimas į paviršinius vandens telkinius bei gruntinius vandenis, bet dėl antrinių teršimo procesų vandens kokybė beveik negerėja.