Visus sprendimus dėl gynybos politikos ir ginkluotųjų pajėgų priima demokratiškai išrinkta civilinė valdžia. Nacionalinė gynybos politika ir gynybos išlaidos skelbiami viešai. Krašto apsaugos ministras, vidaus reikalų ministras, Krašto apsaugos ir Vidaus reikalų ministerijų viceministrai ir Valstybės saugumo departamento vadovas turi būti tik civiliai asmenys.
PrezidentasVyriausiasis valstybės ginkluotojų pajėgų vadas yra Respublikos Prezidentas (140str.)Sprendimus dėl ginkluotųjų pajėgų išdėstymo taikos metu priima Respublikos Prezidentas. Jis savo dekretu patvirtina visų kariuomenės dalinių nuolatinio dislokavimo taikos metu vietas ir teritorines manevravimo ribas. Taikos metu tik Respublikos Prezidentas savo dekretu gali duoti įsakymus dėl ginkluotųjų pajėgų dalinių perkėlimo į kitą dislokavimo vietą.
Valstybės gynimo taryba (140str.)Svarbiausius valstybės gynybos klausimus svarsto ir koordinuoja Valstybės gynimo taryba, į kurią įeina Respublikos Prezidentas, Ministras Pirmininkas, Seimo Pirmininkas, krašto apsaugos ministras ir kariuomenės vadas. Valstybės gynimo tarybai vadovauja Respublikos Prezidentas.
SeimasSeimas rūpinasi, kad būtų laiku priimti Nacionalinio saugumo pagrindams įgyvendinti būtini įstatymai, kiti teisės aktai, galiojančių įstatymų papildymai ir pakeitimai. Seimas priima įstatymą, nustatantį konkrečiais tikslais ir funkcijomis pagrįstą krašto apsaugos ir gynybos struktūrą. Ginkluotųjų pajėgų organizaciją, plėtrą, apginklavimo poreikius, asignavimus nustato piliečių demokratiškai išrinktas Seimas. Seimas įstatymų nustatyta tvarka vykdo ginkluotųjų pajėgų ir kitų nacionalinio saugumo institucijų parlamentinę kontrolę. Už ginkluotųjų pajėgų tvarkymą ir vadovavimą joms Seimui yra atsakingi Vyriausybė, krašto apsaugos ministras ir kariuomenės vadas (140str.)Ginkluoto valstybės užpuolimo atveju, kai kyla grėsmė valstybės suverenumui ar teritorijos vientisumui, Respublikos Prezidentas nedelsdamas priima sprendimą dėl gynybos nuo ginkluotos agresijos, įveda karo padėtį visoje valstybėje ar jos dalyje, skelbia mobilizaciją ir šiuos sprendimus teikia tvirtinti Seimui. (142str.)
Valstybės saugumo departamentasValstybės saugumo departamentas yra Seimui ir Respublikos Prezidentui atskaitinga institucija, kurios paskirtis – apsaugoti nuo pasikėsinimų valstybę, jos suverenitetą ir konstitucinę santvarką. Valstybės saugumo departamento uždaviniai – vykdyti užsienio žvalgybą ir kontržvalgybą, laiku atskleisti veikas, keliančias grėsmę valstybės saugumui, suverenitetui, teritorijos neliečiamybei ir vientisumui, konstitucinei santvarkai, valstybės interesams, gynybinei ir ekonominei galiai, užkirsti kelią šioms veikoms ir jas šalinti įstatymų nustatyta tvarka. Valstybės saugumo departamentas teikia žvalgybos ir kontržvalgybos informaciją, išvadas ir rekomendacijas Respublikos Prezidentui, Vyriausybei ir kitoms valstybės institucijoms. Informaciją, kuri nėra valstybės paslaptis, Departamentas teikia ir visuomenei. Valstybės saugumo departamento biudžetas, ištekliai, darbo metodai ir technika yra valstybės paslaptis. Seimas atlieka parlamentinę Departamento veiklos kontrolę. Ši kontrolė atliekama laikantis valstybės paslapčių apsaugos reikalavimų ir Seimo nustatytų specialių procedūrų.
VyriausybėSprendimus dėl kariuomenės aprūpinimo, ginkluotės įsigijimo ir materialinės bazės priima Vyriausybė. Vyriausybė saugo Lietuvos Respublikos teritorijos neliečiamybę, garantuoja valstybės saugumą ir viešąją tvarką. Vyriausybė koordinuoja ministerijų ir kitų valstybės įstaigų, įgyvendinančių šias garantijas, veiklą. Vyriausybė vadovauja visų nacionalinio saugumo priemonių įgyvendinimui bei piliečių rengimui pilietiniam pasipriešinimui. Vyriausybė atsakinga už valstybinės informacijos valdymo ir jos apsaugos užtikrinimo sistemos sukūrimą ir jos funkcionavimą. Vyriausybė užtikrina, kad visos civilinės valstybės institucijos ir Lietuvos ūkio infrastruktūros objektai būtų parengti privalomiems gynybos bei civilinės saugos uždaviniams vykdyti. Vyriausybė teikia Seimui metinę ataskaitą apie nacionalinio saugumo sistemos plėtrą:Ataskaitoje pateikiama konkrečių žinių (išskyrus tas, kurios yra valstybės paslaptis) apie: nacionalinio saugumo sistemos būklę ir plėtrą; priemones, kurių imamasi galimiems vidaus ir išorės rizikos veiksniams ir pavojams išvengti; saugumą ir gynybinę galią stiprinančią Vyriausybės ir valstybės institucijų veiklą, įskaitant integracijos į NATO priemonių vykdymą; nacionalinių saugumą stiprinančių programų rengimą ir įgyvendinimą; piliečių ugdymą ir apmokymą visuotiniam pasipriešinimui bei civilinės saugos būdų, organizacinių struktūrų parengties gerinimą; paramą savaveiksmėms organizacijoms, kurių veikla prisideda prie pasirengimo pilietiniam pasipriešinimui.
Ginklų fondasGinklų fondas – prie Vyriausybės veikianti valstybinė įstaiga, kurios pagrindinis uždavinys – aprūpinti krašto apsaugos sistemą ir valstybės institucijas ginklais, karine technika, šaudmenimis ir sprogmenimis. Ginklų fondas gamina ir remontuoja kariuomenei ir kitoms valstybės institucijoms reikalingą ginkluotę, šaudmenis ir sprogmenis jo reguliavimo sričiai priskirtose valstybės įmonėse, įstatymų nustatytomis sąlygomis ir tvarka užsako ir prižiūri jų gamybą ar remontą kitose įmonėse. Ginklų fondas taip pat atlieka vyriausybinės agentūros funkcijas, kai perkami ginklai iš užsienio.
KA MinistrasGynybos veiksmų civilinę vadovybę sudaro Respublikos Prezidentas ir krašto apsaugos ministras. Pagal demokratinės civilių kontrolės principą operacinio vadovavimo karinėms operacijoms ir kitiems gynybos veiksmams grandinė prasideda nuo Respublikos Prezidento ir per krašto apsaugos ministrą paprastai eina kariuomenės vadui, o jeigu yra išimtinių aplinkybių, – tiesiai lauko pajėgų vadui, reguliariųjų pajėgų rūšių vadams ar Savanorių pajėgų vadui.
Kariuomenės vadasRespublikos Prezidentas, gavęs Seimo pritarimą, skiria kariuomenės vadą. Kariuomenės vadas pavaldus krašto apsaugos ministrui.
KariuomenėTaikos metu kariuomenė rengiasi ir, Seimui nutarus, savanoriškumo pagrindais dalyvauja taikos operacijose ir misijose už Lietuvos ribų;Taikos metu Lietuvos kariuomenė už Lietuvos Respublikos teritorijos ribų gali būti panaudota tik Seimui leidus. Nepaprastosios padėties atveju kariuomenė gali būti pasiųsta padėti policijai, kai reikia užkirsti kelią antikonstituciniams smurtiniams veiksmams ar juos stabdyti. Įsakymą pasiųsti kariuomenę į pagalbą policijai duoda Respublikos Prezidentas, remdamasis Seimo sprendimu dėl kariuomenės panaudojimo.Kariuomenė Respublikos Prezidento arba krašto apsaugos ministro įsakymu taip pat gali būti pasiųsta į pagalbą Valstybės sienos apsaugos tarnybai, kai prireikia sustiprinti valstybės sienos apsaugą.
Gynybos štabasGynybos štabas yra tiesiogiai kariuomenės vadui pavaldus bendras valstybės karinės gynybos štabas. Gynybos štabas yra integrali Krašto apsaugos ministerijos dalis, kuri padeda krašto apsaugos ministrui rengti kariuomenės plėtros planus ir karinės gynybos strategiją, o kariuomenės vadui – vykdyti jo pareigas ir funkcijas.
Policijos departamentas prie VRMPagrindinė policijos, kaip nacionalinio saugumo sistemos sudedamosios dalies, paskirtis – užtikrinti asmens saugumą, žmogaus teises ir laisves, palaikyti viešąją tvarką, kovoti su nusikaltimais, saugoti valstybės objektus
Netikėtais ir neatidėliotinais atvejais, kai nusikaltėliai sukelia realų pavojų žmonių gyvybei ar nuosavybei ir reikia padėti vykdyti skubias tokių nusikaltėlių sulaikymo operacijas, Policijos departamento prie Vidaus reikalų ministerijos generalinio komisaro, jo pavaduotojo ar vietos policijos komisariato vadovo raštišku prašymu, civilinei operacinei vadovybei leidus, karinis vienetas operacinio vadovavimo grandinėje esančio vado įsakymu gali būti pasiųstas teikti konkrečiai apibrėžtą, neviršijančią 24 valandų vienkartinę pagalbą policijai teisės aktų nustatyta tvarka. Tokiai operacijai vadovauja Policijos departamento prie Vidaus reikalų ministerijos generalinio komisaro, jo pavaduotojo ar policijos komisariato vadovo paskirtas pareigūnas. Prireikus pagalbos teikimo policijai trukmė, laikantis tokios pat tvarkos, gali būti pratęsta iki 48 valandų.
Lietuvoje nebus Vidaus reikalų ministerijos karinių dalinių. Esami vidaus tarnybos daliniai reorganizuojami taip: – specializuoti policijos daliniai, kurių paskirtis – slopinti riaušes kalėjimuose, kovoti su teroristais ir nusikaltėlių gaujomis, vykdyti sulaikymo ir kitas policijos operacijas, saugoti svarbius valstybės objektus, numatytus Vyriausybės nutarimu patvirtintame sąraše, pasilieka pavaldūs Vidaus reikalų ministerijai; – kalėjimų apsaugos tarnyba perduodama Teisingumo ministerijos žinion; – vidaus tarnybos daliniuose tarnaujantys privalomosios krašto apsaugos tarnybos kariai su kovine ginkluote perkeliami į kariuomenės dalinius.
Valstybės sienos apsaugos tarnybaValstybės sienos apsaugos tarnybos paskirtis – įgyvendinti valstybės sienos apsaugą ir valstybės sienos kirtimo kontrolę, užkardyti ir reguliuoti pasienio incidentus. Ši tarnyba priklauso Vidaus reikalų ministerijos valdymo sričiai. Pagal Gynybos štabo planus šios tarnybos daliniai rengiami ginkluotos gynybos veiksmams valstybės gynybos (karo) atveju.