Iki 1941 m. birželio 14 d. NKVD ir NKGB, vietinių kolaborantų aktyviai talkinami, baigė ruoštis trėmimams. Ši genocido akcija jau buvo kruopščiai suplanuota ir parengta, buvo parengtos išsamios trėmimų vykdymo instrukcijos, jų vykdymo grupės aprūpintos transportu ir apsauga. Kiekvienoje apskrityje NKGB turėjo parengtus detalius trėmimų vykdymo planus. Trėmimams vykdyti buvo mestos beveik visos Lietuvos SSR vidaus reikalų ir valstybės saugumo pajėgos, prokuratūros darbuotojai, aktyvūs kolaborantai (vadinamasis sovietinis ir partinis aktyvas). Į pagalbą pasitelkti ir NKGB bei NKVD darbuotojai iš Rusijos, Ukrainos ir Gudijos. Tr
rremtinius kelyje turėjo saugoti SSRS NKVD kariuomenės 42-osios brigados 240-asis pulkas, talkinamas iš Gudijos atsiųstos NKVD kariuomenės 15-osios brigados. Buvo stengiamasi trėmimus vykdyti be triukšmo, kad nebūtų jokių demonstracijų ir „kitokių išsišokimų“. Tuo tikslu visos trėmimų vykdymo grupės buvo instruktuojamos tik trėmimų išvakarėse. Trėmimai prasidėjo birželio 14 d. 3 val. ryto. Kadangi dauguma tremiamų žmonių gyveno kaimuose, atvykusios trėmimų vykdymo operatyvinės grupės nustatydavo tikslią ištremti numatytų šeimų gyvenamąją vietą. Grupei įsiveržus į tremiamųjų butus ir namus, jos vyresnysis pirmiausia pagal sąrašus patikrindavo šeimos suuudėtį, paskui pradėdavo kratą – „ginklams surasti“. Padarius kratą, tremiamiesiems būdavo pareiškiama, kad vyriausybės nutarimu jie bus išvežti „į kitas Sovietų Sąjungos sritis“. Jeigu kas nors mėgindavo bėgti, būdavo šaudoma. Vienas svarbiausių trėmimų tikslų buvo aprūpinti Sibiro ir šiaurines SSRS sritis nemokama daaarbo jėga, todėl tremtiniams buvo leidžiama pasiimti ne daugiau kaip 100 kg turto: drabužių, avalynės, patalynės, maisto. Viskas priklausė nuo trėmimų vykdymo grupės ir vietinių kolaborantų malonės. Tūkstančiai šeimų su vaikais buvo sugrūsti į gyvulinius vagonus. Nebuvo medicinos personalo, vagonų sąlygos buvo antisanitarinės. Trėmimai buvo susiję su visuotiniu tremiamųjų apiplėšimu. Aprašytas turtas (t. y. tas, kurio nebuvo įmanoma nuslėpti) buvo atiduodamas vykdomiesiems komitetams, organizuojamiems kolūkiams, arklių-traktorių nuomos punktams, „neturintiems karvių ir vargingųjų valstiečių ūkiams“. Tarp šių valstiečių buvo aktyvių kolaborantų. Jau birželio 15 d. vakare turėjo būti surinkti visi tremtiniai, bet kai kurios šeimos slapstėsi ir to nepavyko padaryti. Birželio 16 d. vakare nustatyta, kad trūksta 1413 numatytų ištremti žmonių. Šiam skirtumui panaikinti birželio 16–18 d. dar buvo surinkta daugiau kaip 2 tūkst. žmonių. Nemažai žmonių pateko į tremtį nė nesudarius bylų, stengiantis žūtbūt įvykdyti planą. Bylų dokumentai buvo surašomi atgaline data. Siekiant papildyti lagerius nemokama darbo jėga, buvo numatyta vyrų atskyrimo nuo šeimos tvarka. Oficialus pretekstas atskirti vyrus nuo žmonų ir vaikų turėjo būti „sanitarinis patikrinimas“. Iš tikrųjų saugumiečiai, kareivių padedami, viską darė kur kas paprasčiau: jie išsivesdavo vyrus „tikrinti dokumentų“, „tardyti“ ar net be jokios dingsties. Vyrai buvo perkeliami į kitus ešelonus. Nepasisekė okupantams „be mažiausios maišaties, triukšmo bei panikos“ išvežti tremtinių. Stotyse susirinkdavo tremiamų žmonių giminaičiai irrr draugai. Daugiausia jų susirinko Naujoje Vilnioje, kur birželio 15–19 d. buvo sutelkta daugybė ešelonų su tremtiniais. 1941 m. birželio 11 d. Lietuvoje buvo numatyta suimti 8598, o ištremti – 13654 žmones. Trėmimai vyko gana sunkiai, todėl šie skaičiai buvo pakoreguoti: numatytų suimti žmonių skaičius sumažėjo iki 5862 , o ištremti – iki 10617. Skaičiai sumažėjo beveik vien dėl to, kad buvo pakeisti numatytų ištremti ir suimti Lenkijos karo pabėgėlių ir „kriminalinių elementų“ skaičiai. Buvo siekiama represuoti kuo daugiau lietuvių. Tokį pakoreguotą suėmimų planą NKGB ir NKVD įvykdė 83% (lietuvių atžvilgiu NKGB įvykdė 90%, o lenkų pabėgėlių – 39% plano). Visiškai įvykdytas ir gerokai viršytas buvo tik moterų ir vaikų trėmimo planas. Taip atrodė oficialioji statistika, kuri iš tikrųjų nebuvo tiksli. Iš vežamų žmonių buvo kuo žiauriausiai tyčiojamasi. Išvažiavus iš Lietuvos, vagonai buvo atidaromi tik Oršoje, o vietoje instrukcijose numatyto „karšto maisto“ duodami du kibirai vandens visam vagonui. Dėl tokių nepakeliamų sąlygų tremtiniai pradėjo mirti. Vėluodami po 2–4 dienas (kartais ir daugiau, dauguma ešelonų su tremtiniais 1941 m. birželio 30 – liepos 9 d. atvyko į tremties vietas. Rugsėjo – spalio mėn. Oficialiose SSRS NKVD ataskaitose buvo suskaičiuojami 12682 tremtiniai lietuviai (be tų, kurie buvo suimti ir išvežti į lagerius). Tikrąjį trėmimų mastą padeda atskleisti „Genocido aukų vardynas“. Jame yra suregistruoti 14595 žinomi 1941 m. birželio 14–18 d. tremtiniai, kurie pasiekė tremties vietas, ir 2957 vyrai, kuriuos tuo metu atskyrė nuo šeimų ir išvežė į lagerius. Bendras birželio 14–18 d. iš Lietuvos išvežtų žmonių skaičius siektų mažiausiai 18500.Lietuviai gyveno barakuose, baisiomis, antisanitarinėmis sąlygomis. Kai kuriems, kurie jau buvo apsisprendę likti tremtyje ar nesitikėjo grįžti į tėvynę pavykdavo pasistatyti namus ir gyventi ten kaip ir vietiniai. Namai buvo paprasti, vargingi. Darbas tremtyje buvo labai sunkus. Dirbti versdavo ir moteris, jos dažnai mirdavo iš nuovargio, nes pailsėti nebūdavo kada. Dirbti reikėjo ir per baisiausias pūgas, vėtras. Šalia visada budėjo ginkluoti sargybiniai. Jei nebirbsi, vistiek mirsi.
Atlyginimai buvo maži, todėl daug žmonių mirdavo nuo bado.
Tremtyje siausdavo baisi liga- šiltinė. Ji guldydavo žmones vieną po kito. Po to juos reikėjo vežti į ligoninę, o jos buvo labai mažos, jose buvo šalta. Todėl ir tenai žmonių nebuvo galima gerai išgydyti.
Tremtyje nebuvo mokyklų. Todėl labiau išsilavinę žmonės mokydavo vaikus letuvių kalbos, skaičiavimo. Kas žino, gal vaikai nemokyti Lietuvių kalbos, net negrįžtų į Lietuvą.
Mirus J. Stalinui, 1953 m. kovo 27 d. L. Berijos iniciatyva buvo paskelbtas SSRS Aukščiausiosios Tarybos įsakas „Dėl amnestijos“. Pagal jį iš GULAG-o lagerių buvo paleista 1,2 mln. kalinių, daugiausia nuteistų už kriminalinius ir vadinamuosius buitinius nusikaltimus. Nors buvo numatyta paleisti ir politinius kalinius, nuteistus 5 metams laisvės atėmimo, dauguma lietuvių toliau kalėjo GULAG-o lageriuose. Kaliniai tebemirė nuo ligų, sunkaus darbo ar buvo sargybos nužudomi. Keliose ypatinguosiuose lageriuose vienas po kito kilo kalinių sukilimai (visada prasidėdavę streiku), kurių dalyviai reikalavo elementarių teisių (lengvesnio režimo, medicinos pagalbos, ištirti kalinių nužudymo atvejus ir pan.). Šiuos sukilimus galima vertinti ir kaip kalinių protestą prieš nesiliovusį žmonių naikinimą lageriuose. Tiesą sakant, antisovietinių šūkių buvo vengiama, kad nebūtų visuotinio kalinių naikinimo. Lietuviai aktyviai dalyvavo visuose kalinių sukilimuose.
Po 1953 m. Norilsko ir Vorkutos kalinių sukilimų iš karto didesnių ar mažesnių kalinių streikų bei kitokio pobūdžio protesto akcijų kilo ir kituose lageriuose. Vienur kaliniai išsikovojo buities ir priverčiamojo darbo sąlygų pagerinimą (nuo barakų langų buvo nuimtos grotos, panaikinti asmeniniai numeriai, šachtose pagerinta techninio saugumo kontrolė ir pan.), kitur sukilimų kilo ir 1954 m.
Žymiausias sukilimas 1954 m. įvyko Steplage, kuriam 1948–1954 m. vadovavo buvęs Lietuvos SSR NKVD Kalėjimų skyriaus viršininkas, pulkininkas A. Čečevas ir buvęs valstybės saugumo liaudies komisaras, leitenantas P. Gladkovas. Ypatingųjų lagerių kalinių sukilimai, įvykę dar iki Steplago sukilimo, privertė Sovietų Sąjungos MVD bent sąlyginai pakeisti jų kalinimo režimą. 1954 m. balandžio 6 d. visuose ypatinguosiuose lageriuose buvo įvestas toks pat režimas kaip ir bendruosiuose. Tačiau 1954 m. gegužės 17 d. viename iš šešių Steplago skyrių malšinant kalinių neramumus buvo nušauta 18 ir sužeista 70 kalinių. Sukilę kaliniai (tik politiniai, nes kriminaliniai buvo tučtuojau išvežti iš lagerio) pareikalavo sutrumpinti bausmės laiką, paleisti šeimas iš tremties, įvesti 8 val. darbo dieną ir t. t. Kai kuriuos reikalavimus pagerinti buitį SSRS MVD GULAG-o viršininkas I. Dolgichas sutiko patenkinti, bet vakarų ukrainiečių ir lietuvių vadovaujami kaliniai toliau priešinosi. Dėl kalinių sukilimo nutrūko gamyklų ir elektrinės statybos, todėl Sovietų Sąjungos vidaus reikalų ministras S. Kruglovas birželio 24 d. leido sukilimui malšinti panaudoti tankus, tarnybinius šunis ir kt. Į lagerio zoną įsiveržę tankai ir kareiviai nužudė ne mažiau kaip 35 kalinius.
KGB duomenimis, į Lietuvą iš tremties ir lagerių 1955–1956 m. grįžo per 17 tūkst. žmonių (vėliau rašyta apie 20 tūkst.). Vengrijos ir Lenkijos įvykiai paskatino Lietuvos komunistinę viršūnę imtis papildomų priemonių prieš grįžtančius buvusius kalinius. A. Sniečkus 1956 m. lapkričio 16 d. prašė Sovietų Sąjungos komunistų partijos CK uždrausti apsigyventi Lietuvoje ir gretimose teritorijose „teistiems už kontrrevoliucinius nusikaltimus“, nes apie 8 tūkst. žmonių „savavališkai sugrįžo į Lietuvą“. Kadangi Lietuvos SSR KGB sekė visus grįžtančius sovietinio teroro ir naikinimo sistemos liudytojus, LKP CK sekretorius B. Šarkovas pasiūlė padauginti saugumiečių. Jie turėjo garantuoti, kad pro sudaromą draudimų ir apribojimų sieną neprasmuks nė vienas buvęs kalinys ar tremtinys, o jau įsikūrusiems (ir įsikursiantiems) Lietuvoje bus sudarytos nepakeliamos gyvenimo sąlygos. 1957 m. sausio 14 d. Sovietų Sąjungos MVD sprendimu Kaunas buvo pavadintas miestu su ypatingu pasų režimu, kuriame draudžiama gyventi kalintiems „už kontrrevoliucinius nusikaltimus“ ir „už banditizmą“. 1957 m. sausio 1 d. J. Paleckis pasirašė įsaką, kuriuo „buvusiems buržuazinės Lietuvos vyriausybės, politinių partijų vadovams, aktyviems lietuvių nacionalistinio pogrindžio dalyviams, nuteistiems už Tėvynės išdavimą, teroro ir diversijos aktus, o taip pat asmenims, nuteistiems už banditizmą ir atlikusiems bausmes, draudžiama grįžti į Lietuvos SSR“. Tiems, kurie vis dėlto grįžtų, buvo numatyta nauja bausmė – 5 metai tremties. Šis įsakas šiek tiek pristabdė lietuvių grįžimą, todėl Latvijoje ir Karaliaučiaus srityje didėjo lietuviškos buvusių kalinių bendruomenės.
Paskutiniai lietuviai iš tremties paleisti tik paskelbus Sovietų Sąjungos Aukščiausiosios Tarybos prezidiumo 1960 m. sausio 7 d. įsaką. Vadovaujantis juo, tremtis buvo panaikinta rezistencijos dalyvių šeimų nariams ir paskutiniams „buvusių buržuazinių vyriausybių ir politinių partijų nariams“.
Bet niekas neatlygins žalos Lietuvai, kurią padarė trėmimai. Niekas nesugražins išardytų šeimų.