Iki 1941 m. birželio 14 d. NKVD ir NKGB, vietinių kolaborantų aktyviai talkinami, baigė ruoštis trėmimams. Ši genocido akcija jau buvo kruopščiai suplanuota ir parengta, buvo parengtos išsamios trėmimų vykdymo instrukcijos, jų vykdymo grupės aprūpintos transportu ir apsauga. Kiekvienoje apskrityje NKGB turėjo parengtus detalius trėmimų vykdymo planus. Trėmimams vykdyti buvo mestos beveik visos Lietuvos SSR vidaus reikalų ir valstybės saugumo pajėgos, prokuratūros darbuotojai, aktyvūs kolaborantai (vadinamasis sovietinis ir partinis aktyvas). Į pagalbą pasitelkti ir NKGB bei NKVD darbuotojai iš Rusijos, Ukrainos ir Gudijos. Trremtinius kelyje turėjo saugoti SSRS NKVD kariuomenės 42-osios brigados 240-asis pulkas, talkinamas iš Gudijos atsiųstos NKVD kariuomenės 15-osios brigados. Buvo stengiamasi trėmimus vykdyti be triukšmo, kad nebūtų jokių demonstracijų ir „kitokių išsišokimų“. Tuo tikslu visos trėmimų vykdymo grupės buvo instruktuojamos tik trėmimų išvakarėse. Trėmimai prasidėjo birželio 14 d. 3 val. ryto. Kadangi dauguma tremiamų žmonių gyveno kaimuose, atvykusios trėmimų vykdymo operatyvinės grupės nustatydavo tikslią ištremti numatytų šeimų gyvenamąją vietą. Grupei įsiveržus į tremiamųjų butus ir namus, jos vyresnysis pirmiausia pagal sąrašus patikrindavo šeimos suudėtį, paskui pradėdavo kratą – „ginklams surasti“. Padarius kratą, tremiamiesiems būdavo pareiškiama, kad vyriausybės nutarimu jie bus išvežti „į kitas Sovietų Sąjungos sritis“. Jeigu kas nors mėgindavo bėgti, būdavo šaudoma. Vienas svarbiausių trėmimų tikslų buvo aprūpinti Sibiro ir šiaurines SSRS sritis nemokama da
Lietuviai gyveno barakuose, baisiomis, antisanitarinėmis sąlygomis. Kai kuriems, kurie jau buvo apsisprendę likti tremtyje ar nesitikėjo grįžti į tėvynę pavykdavo pasistatyti namus ir gyventi ten kaip ir vietiniai. Namai buvo paprasti, vargingi. Darbas tremtyje buvo labai sunkus. Dirbti versdavo ir moteris, jos dažnai mirdavo iš nuovargio, nes pailsėti nebūdavo kada. Dirbti reikėjo ir per baisiausias pūgas, vėtras. Šalia visada budėjo ginkluoti sargybiniai. Jei nebirbsi, vistiek mirsi.
Atlyginimai buvo maži, todėl daug žmonių mirdavo nuo bado.
Tremtyje siausdavo baisi liga- šiltinė. Ji guldydavo žmones vieną po kito. Po to juos reikėjo vežti į ligoninę, o jos buvo labai mažos, jose buvo šalta. Todėl ir tenai žmonių nebuvo galima gerai išgydyti.
Tremtyje nebuvo mokyklų. Todėl labiau išsilavinę žmonės mokydavo vaikus letuvių kalbos, skaičiavimo. Kas žino, gal vaikai nemokyti Lietuvių kalbos, net negrįžtų į Lietuvą.
Mirus J. Stalinui, 1953 m. kovo 27 d. L. Berijos iniciatyva buvo paskelbtas SSRS Aukščiausiosios Tarybos įsakas „Dėl amnestijos“. Pagal jį iš GULAG-o lagerių buvo paleista 1,2 mln. kalinių, daugiausia nuteistų už kriminalinius ir vadinamuosius buitinius nusikaltimus. Nors buvo numatyta paleisti ir politinius kalinius, nuteistus 5 metams laisvės atėmimo, dauguma lietuvių toliau kalėjo GULAG-o lageriuose. Kaliniai tebemirė nuo ligų, sunkaus da
Po 1953 m. Norilsko ir Vorkutos kalinių sukilimų iš karto didesnių ar mažesnių kalinių streikų bei kitokio pobūdžio protesto akcijų kilo ir kituose lageriuose. Vienur kaliniai išsikovojo buities ir priverčiamojo darbo sąlygų pagerinimą (nuo barakų langų buvo nuimtos grotos, panaikinti asmeniniai numeriai, šachtose pagerinta techninio saugumo kontrolė ir pan.), kitur sukilimų kilo ir 1954 m.
Žymiausias sukilimas 1954 m. įvyko Steplage, kuriam 1948–1954 m. vadovavo buvęs Lietuvos SSR NKVD Kalėjimų skyriaus viršininkas, pulkininkas A. Čečevas ir buvęs valstybės saugumo liaudies komisaras, leitenantas P. Gladkovas. Ypatingųjų lagerių kalinių sukilimai, įvykę dar iki Steplago sukilimo, privertė Sovietų Sąjungos MVD bent sąlyginai pakeisti jų kalinimo režimą. 1954 m. balandžio 6 d. visuose ypatinguosiuose lageriuose buvo įvestas toks pat režimas kaip ir bendruosiuose. Tačiau 1954 m. gegužės 17 d. viename iš šešių Steplago skyrių malšinant kalinių neramumus buvo nušauta 18 ir sužeista 70 kalinių. Sukilę kaliniai (tik politiniai, nes kriminaliniai buvo tučtuojau išvežti iš lagerio) pareikalavo sutrumpinti bausmės laiką, paleisti šeimas iš tremties, įvesti 8 val. darbo dieną ir t. t. Kai kuriuos reikalavimus pagerinti buitį SSRS MVD GULAG-o viršininkas I. Dolgichas sutiko patenkinti, bet vakarų ukrainiečių ir lietuvių vadovaujami kaliniai toliau priešinosi. Dėl kalinių sukilimo nutrūko gamyklų ir elektrinės statybos, todėl Sovietų Sąjungos vidaus reikalų ministras S. Kruglovas birželio 24 d. leido sukilimui malšinti panaudoti tankus, tarnybinius šunis ir kt. Į lagerio zoną įsiveržę tankai ir kareiviai nužudė ne mažiau kaip 35 kalinius.
KGB duomenimis, į Lietuvą iš tremties ir lagerių 1955–1956 m. grįžo per 17 tūkst. žmonių (vėliau rašyta apie 20 tūkst.). Vengrijos ir Lenkijos įvykiai paskatino Lietuvos komunistinę viršūnę imtis papildomų priemonių prieš grįžtančius buvusius kalinius. A. Sniečkus 1956 m. lapkričio 16 d. prašė Sovietų Sąjungos komunistų partijos CK uždrausti apsigyventi Lietuvoje ir gretimose teritorijose „teistiems už kontrrevoliucinius nusikaltimus“, nes apie 8 tūkst. žmonių „savavališkai sugrįžo į Lietuvą“. Kadangi Lietuvos SSR KGB sekė visus grįžtančius sovietinio teroro ir naikinimo sistemos liudytojus, LKP CK sekretorius B. Šarkovas pasiūlė padauginti saugumiečių. Jie turėjo garantuoti, kad pro sudaromą draudimų ir apribojimų sieną neprasmuks nė vienas buvęs kalinys ar tremtinys, o jau įsikūrusiems (ir įsikursiantiems) Lietuvoje bus sudarytos nepakeliamos gyvenimo sąlygos. 1957 m. sausio 14 d. Sovietų Sąjungos MVD sprendimu Kaunas buvo pavadintas miestu su ypatingu pasų režimu, kuriame draudžiama gyventi kalintiems „už kontrrevoliucinius nusikaltimus“ ir „už banditizmą“. 1957 m. sausio 1 d. J. Paleckis pasirašė įsaką, kuriuo „buvusiems buržuazinės Lietuvos vyriausybės, politinių partijų vadovams, aktyviems lietuvių nacionalistinio pogrindžio dalyviams, nuteistiems už Tėvynės išdavimą, teroro ir diversijos aktus, o taip pat asmenims, nuteistiems už banditizmą ir atlikusiems bausmes, draudžiama grįžti į Lietuvos SSR“. Tiems, kurie vis dėlto grįžtų, buvo numatyta nauja bausmė – 5 metai tremties. Šis įsakas šiek tiek pristabdė lietuvių grįžimą, todėl Latvijoje ir Karaliaučiaus srityje didėjo lietuviškos buvusių kalinių bendruomenės.
Paskutiniai lietuviai iš tremties paleisti tik paskelbus Sovietų Sąjungos Aukščiausiosios Tarybos prezidiumo 1960 m. sausio 7 d. įsaką. Vadovaujantis juo, tremtis buvo panaikinta rezistencijos dalyvių šeimų nariams ir paskutiniams „buvusių buržuazinių vyriausybių ir politinių partijų nariams“.
Bet niekas neatlygins žalos Lietuvai, kurią padarė trėmimai. Niekas nesugražins išardytų šeimų.