1944 m. liepos mėnesį, Raudonajai armijai įžengus į Lietuvą, buvo dislokuoti represiniai ypatingos paskirties NKVD kariuomenės daliniai, kurie vykdė baudžiamąsias operacijas: degino sodybas, žudė ir degino gyvus žmones. 1944–1945 m. iš viso buvo nužudyta ar nukankinta per tardymus 13,2 tūkst. asmenų. Tokios žiaurios okupacinės valdžios represijos skatino ginkluotis ir priešintis smurtui. Visose apskrityse organizavosi partizanų būriai. Tačiau Sovietų Sąjungos okupacinės kariuomenės teroro negalima laikyti pagrindine ginkluotojo pasipriešinimo priežastimi. Svarbiausias motyvas, nulėmęs apsisprendimą partizanauti, buvo viltis atkurti nepriklausomą valstybę. Viltis atkurti laisvą demokratinę Lietuvos Respubliką buvo siejama su Antrojo pasaulinio karo pabaiga ir būsimąja Taikos konferencija. Buvo tikimasi, kad susiklosčius palankiai tarptautinei situacijai, panašiai kaip1918-1919 metais, Lietuvai pavyks atkurti nepriklausomybę. Šiam lemiamam momentui buvo kuriamas pogrindis, kuris mobilizuotų vyrus, užtikrintų krašto gynybą, suorganizuotų laikinus valdžios organus ir surengtų demokratinius parlamento rinkimus. Iki tol buvo trukdoma kurti okupacinius valdymo organus, priešinamasi su Sovietų Sąjungos kariuomenės pagalba vykdomiems rinkimams, ginama gyventojų teisė boikotuoti prievartinę mobilizaciją į sovietinę kariuomenę, priešinamasi komunistinės ideologijos skleidimui, taip pat materialinių išteklių ir privačios nuosavybės naikinimui, gyventojų deportacijoms.
Pagal partizanų kovos strategiją ir taktiką bei organizacinių struktūrų formavimąsi, taip pat okupacinių represinių organų taikytus slopinimo metodus Lietuvos partizaninį karą sąlyginai galima suskirstyti į tris periodus. 1944 m. liepos – 1946 m. gegužės mėn. laikotarpiui būdingi visuotinio sukilimo, teritorinės gynybos ir pozicinio karo elementai. Teritoriniu principu sukurtos ir ilgą laiką veikė 7-9 partizanų apygardas. Partizanų junginių struktūra buvo tokia kaip reguliarios Lietuvos kariuomenės, buvo įvestos karinės uniformos, skiriamieji bei pasižymėjimo ženklai. Partizanai užpuldavo mažesnius miestelius (1944–1945 m. – apie 30 miestelių), sunaikindavo okupacinės valdžios įstaigos, nuginkluodavo valsčiuose įsikūrusius naikintojų būrius, išlaisvindavo suimtuosius, sunaikindavo mobilizacinius dokumentus, prievolių žiniaraščius. Vyko didelės kautynės, kuriose abi pusės patirdavo didelių nuostolių: 1945 m. Panevėžio apskr. kovo 27 d. Ažagų miške žuvo 75 partizanai, kovo 10–12 d. – Utenos aps. Labanoro girioje – 83 partizanai, gegužės 16 d. Alytaus aps. Kalniškės miške – 44 partizanai ir t.t. 1945–1946 m. okupacinė valdžia masiškai pradėjo taikyti barbarišką akciją – nukautųjų partizanų niekinimą miestelių aikštėse. Galiausiai žuvusiuosius slapta užkasdavo šiukšlynuose, žvyrduobėse, sumesdavo į šulinius.
1946 m. gegužės – 1948 lapkričio mėn. laikotarpiui būdinga tai, kad partizanų būriai išsiskirstė mažesnėmis grupelėmis, vietoj įtvirtintų stovyklų įsirengė gerai užmaskuotus bunkerius po žeme ar gyventojų sodybose. Dažniausia kovinė operacija tapo pasala, kurios metu pavykdavo sunaikinti aršiausius represinių žinybų pareigūnus ir įsigyti ginklų. 1946–1948 m. partizanų skaičius vis mažėjo: 1946 m. jų buvo apie 4,5 tūkst. 1948 m. – 2,3 tūkst. Didelis dėmesys buvo skiriamas komunistinės propagandos įtakos neutralizavimui, tautinio – pilietinio sąmoningumo ugdymui: per partizaninį karą Lietuvoje pogrindyje išleista ne mažiau kaip 54-ių pavadinimų periodiniai leidiniai ir 18 neperiodinių spaudos leidinių.
1948 m. lapkričio – 1953 m. gegužės mėn. laikotarpyje baigtas partizanų organizacijų vienijimosi procesas. 1949 m. vasario 10–20 d. įvyko plačiausio masto Lietuvos partizanų vadų pasitarimas. Sukurta pogrindinė partizanų organizacija buvo pavadinta Lietuvos laisvės kovos sąjūdžiu (LLKS). Partizanų daliniai pavadinti Lietuvos Respublikos gynybos pajėgomis. Partizanų generolu paskirtas kpt. Jonas Žemaitis. Partizanų vadų suvažiavimas priėmė politinę deklaraciją, kurioje nurodė, jog LLKS taryba yra aukščiausias tautos politinis organas, vadovaujantis išsilaisvinimo kovai, o pasibaigus okupacijai – sudarantis Laikinąją vyriausybę ir organizuojantis demokratinius parlamento rinkimus. Nutarta neplėsti ginkluotų partizanų gretų ir stengtis išlaikyti visą Lietuvą apimantį pogrindžio tinklą: štabus bei ryšių sistemą.
1953 m. gegužės 30 d. bunkeris buvo suėmus partizanų vadą J. Žemaitį, partizaninis karas iš esmės pasibaigė. Liko tik keliasdešimt ginkluotų partizanų. 1965 m. buvo apsupti ir nenorėdami gyvi pasiduoti nusišovė du Lietuvos partizanai, išsilaikę pogrindyje dvidešimt metų. Paskutinis Lietuvos partizanas S. Guiga, globojamas kaimo moters, išsislapstė nepasidavęs okupacinei valdžiai iki pat mirties 1986 m.
Partizaniniame kare 1944-1953 metais žuvo 20,2 tūkst. partizanų ir jų rėmėjų, apie 140 tūkst. Lietuvos gyventojų išvežta į koncentracijos stovyklas, 118 tūkst. – ištremta į Sibirą. Baudžiamųjų operacijų ir partizanų antpuolių metu žuvo apie 12 tūkst. NKVD kareivių ir karininkų, sovietinio saugumo darbuotojų ir agentų, sukarintų būrių dalyvių arba tapo atsitiktinėmis partizaninio karo aukomis.