Gimė 1869 m. rugsėjo mėn. 20 (08) diena, Maleišių k., Svėdasų a., Anykščių r. Gimė pasiturinčių ūkininkų šeimoje. 1881-1888 metais mokėsi Daugpilio realinėje gimnazijoje. Čia iš P. Matulionio gaudavo draudžiamos lietuviškos spaudos. Baigęs gimnaziją tą patį rudenį įstojo į kunigų seminariją Kaune. Įsitraukė į lietuvių klierikų slaptos Lietuvos mylėtojų draugijos veiklą, o vėliau perėjo į šv. Kazimiero draugiją. 1890 m. parašė pirmąją korespondenciją į “Žemaičių ir Lietuvos apžvalgą”. 1893 m. lapkričio mėn. 28 d. įšventintas kunigu ir paskirtas vikaru į Jelgavą. Čia susipažino su J. Jablonskiu, G. Petkevičaite ir kitais, 1895 m. susipyko su kunigais ir dekanu E. Roppu, todėl perkeltas vikaru į Mosėdį (Skuodo r.). Palaikė ryšius su Kretingos vienuolyne tuo metu įkalintais kunigais: F. Leliu, S.S takele ir kitais. Buvo vienas iš “Tėvynės sargo” išleidimo 1896 m. iniciatorių. 1897-1902 metais – faktinis jo redaktorius. Susipažino su vietos knygnešiais, rūpinosi slapta jų draugija, gaudavo draudžiamos spaudos, ją platindavo, pats mokė vaikus skaityti. Draudžiamos spaudos pas jį atvykdavo brolis Jonas. 1896 m. spalio mėn. 2 d., grįždamas į tėviškę su lagaminu draudžiamos spaudos, Jonas buvo areštuotas. Žandarai, sužinoję, iš kur gavęs spaudinius, padarė kratą klebonijoje, bet įkalčių nerado. 1897 m. sausio mėn. 31 d. įtrauktas į šią bylą kaip kaltinamasis. Per kvotą kaltu neprisipažino. Žandarai įtarė, kad rašo į draudžiamą spaudą Vaižganto slapyvardžiu. 1897 m. dėl įrodymų stokos byla buvo nutraukta. 1898 m. rugpjūčio mėn. 10 d. perkeltas vikaru į Kulius (Plungės r.). Čia vėl aktyviai įsitraukė į draudžiamos spaudos platinimo organizavimą ir slaptųjų mokyklų kūrimą. Saugią slėptuvę spaudai įrengė klebonijoje. Palaikė artimus ryšius su knygnešiais D. Bubėnu, S. Neteckiu, J. Grušiu, K. Norkumi ir kitais. 1900 m. pradėjo leisti laikraštį “Žinyčia”. Dėl lenkomanų dvarininkų ir kunigų skundų 1901 m. iškeltas į Micaičius (Šiaulių r.). Bet vėl skundai, ir 10 mėn. pabuvusį perkėlė į Vadaktėlius (Panevėžio r.). Čia toliau redagavo nelegalius laikraščius. Nuo 1902 m. lapkričio mėn. 28 d. buvo slaptai policijos sekamas kaip nepatikimas. Vadaktėliuose sulaukė spaudos draudimo panaikinimo. Apdovanotas Vytauto Didžiojo 2-jo laipsnio ordinu (1932 m.) ir Didžiojo Lietuvos kunigaikščio Gedimino 2-jo laipsnio ordinu (1928 m.).
Vaižganto kūrybos viršūnė yra apysaka “Dėdės ir dėdienės”, išleista 1929m. Vaizduojamasis laikotarpis nukelia skaitytoją į tuos laikus, kai baudžiava jau ėjo prie galo ir pagaliau buvo panaikinta. Tačiau dėmesys apysakoje sutelktas ne į baudžiavos vaizdus, ne į pakitusio gyvenimo socialines ir kultūrines problemas, o į žmogaus vidų, į charakterių gilumą, jų ryšį su gamta, su pasauliu, į jų pasaulėjautą. Kūrinyje vaizduojamas liūdnas bedalių šeimos narių likimas. Dėdės ir dėdienės, pasak Vaižganto, reiškia ne tiek giminystės ryšį, kiek socialinį santykį tarp ūkį paveldėjusių šeimininkų ir čia pasilikusių dirbti ir vargti “dėdžių”, kurių padėtis yra kažkas mišraus tarp tarno, samdinio ir šeimos nario, bet sunkesnė už samdinio, nes dirbama be atlyginimo, dažniausiai tik už pavalgymą ir menką drabužį. Apysakoje ir vaizduojami tokie žmonės: Mykoliukas, Severiutė ir Rapolas. Įstatyti į primityvias baudžiavinio kaimo aplinkybes, jie sugeba jausti, stebėti ir suvokti save, patirti aukščiausias būties akimirkas. Jų vidinių išgyvenimų subtilumas išsitenka nusistovėjusių darbų, santykių ir papročių sekoje, natūraliai įsiliedami į kasdieniškus pašnekesius, kasdieniškus įprastus veiksmus, ritualinius gestus, kuriuos nepastebimai sureikšmina. Kūrinyje išlaikytas vientisas pasakojimo ritmas: jis parašytas tarsi vienu atsikvėpimu. Žodis čia alsuoja gaivališkumu tikrumu, nepaliestu literatūrinės stilizacijos. Čia pasiekta darni pusiausvyra tarp panoraminių senojo kaimo nuotraukų ir individualizuoto psichologinio vyksmo. Kūrinyje daugiausia literatūrinio grožio, tobuliausiai, nuosekliausiai ir šviesiausiai skleidžiasi Vaižganto pasaulėjauta. Mirė 1933 m. balandžio mėn. 29 Kaune. Perlaidojimo vieta nežinoma.