Naftos produktai per neužšąlantį Klaipėdos uostą gabenami jau daugiau kaip 130 metų. XIXa. pabaigoje suklestėjusi technikos pažanga, nutiestas geležinkelis į Karaliaučių bei spartus miesto pramonės augimas reikalavo įsivežti iš užsienio naujos rūšies kuro – žibalo. 1857 metais išgrįsta Šiaurinė balasto krantinė perduota žibalui prekiauti. Uosto statistikos duomenimis, pirmąkart laivu į Klaipėdą žibalas statinėse atgabentas 1868 metais. XXa. pradžioje naftos produktų poreikiai kasmet augo. Po to, kai 1916 metais “Asiatic Petroleum Company”, vėliau tapusi kompanijos “Shell” dalimi, Europoje pradėjo perdirbti naftą, Klaipėdos uoste pastatytos pirmosios naftos produktų saugyklos – rezervuarai. Nuo 1921 metų Klaipėdoje pradėjusios steigtis naftos produktų kompanijos išplėtė rezervuarų parką. Ketvirtojo dešimtmečio pabaigoje Lietuvos rinkoje dominavo “Shell” ir rusiškais naftos produktais prekiavusi “Sojuzneft”. Jos abi turėjo daugiausia antžeminių rezervuarų, kuriuose iš viso tilpo apie 10 tūkst. tonų žibalo, automobilinio ir aviacinio benzino. 1930 – 1933 metais Naftos uostas pagilintas iki 7 metrų, tačiau tanklaiviams to neužteko: iš jūrose stovinčių laivų kurą tekdavo perpilti į mažesnius laivus. 1937 metais Lietuvos bendrovė “Lietūkis” įsigijo 5 rezervuarus bendros 5600m3 talpos, nutiesė geležinkelio atšaką ir pastatė estakadą. Be to , buvo pastatytos talpyklos naftos produktams aplinkiniuose miestuose – Šilutėje ir Pagėgiuose bei įsigyta 60 geležinkelio cisternų. Naftos produktai buvo gabenami tanklaiviais iš Juodosios jūros Kaukazo pakrantės uostų Batumio ir Tuopsės. “Lietūkis” planavo turėti net savo tanklaivį. Tačiau civilinio uosto veiklą nutraukė 1939 metais Klaipėdos krašto prijungimas prie Vokietijos ir po to prasidėjęs Antrasis pasaulinis karas. Baigiantis karui Klaipėda virto mūšio lauku ir griuvėsiais. Po karo Naftos uostas veikė kaip laivus kuru aprūpinanti bazė
Po karo SSSR vyriausybė, išanalizavusi naftos produktų eksporto kelius iš Rusijos gamyklų į Vakarų rinkas, geografiniu požiūriu tinkamiausiu pripažino Klaipėdos uostą. 1956 metais Klaipėdos miesto valdžia pritarė Maskvos sprendimui steigti naftos bazę esamo Naftos uosto teritorijoje ir skyrė 6 hektarų sklypą. 1959 metais buvo pasirašytas Klaipėdos naftos eksporto ir perpylimo bazės steigimo dokumentas. 1959 metų lapkričio 27 dieną naujoji naftos eksporto bazė pradėjo savo veiklą – tą dieną buvo priimtas pirmasis geležinkelio sąstatas iš Rusijos su mazuto cisternomis, o nepraėjus nei mėnesiui iš Klaipėdos išplaukė pirmasis tanklaivis su naftos kroviniu. Naftos produktai buvo atgabenami iš Jaroslavlio, Permės, Riazanės ir kitų naftos perdirbimo gamyklų.
Įmonės pavadinimas ne kartą keitėsi, tačiau tuometinėje SSSR teritorijoje Klaipėda garsėjo kaip geriausiai dirbanti pagrindinė mazuto eksporto bazė. Pagal projektą galintis apdoroti vos 4,5 mln.t. naftos produktų, terminalas kasmet didino savo pajėgumus. Devintame dešimtmetyje sugebėta perkrauti apie 11 mln. per metus. 1982 metais buvo įrengta nauja technologinė linija “geležinkelis – tanklaivis” pramoniniams tepalams perpilti. Tačiau visa kita terminalo įranga ilgus metus dirbo be kapitalinio remonto ir buvo fiziškai susidėvėjusi, neatitiko ekologinių reikalavimų. 1989 metais apribotas mazuto, gabenamo geležinkeliu, kiekis ir numatyta skirti lėšų įmonės rekonstrukcijai.Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, lėšos terminalo rekonstrukcijai liko Maskvos bankuose. Terminalo veikla įgavo naują prasmę – iškilo alternatyvaus naftos tiekimo būtinybė. 1993 metais Lietuvos Respublikos Vyriausybė pritarė ministerijos siūlymui organizuoti tamsiųjų ir šviesiųjų naftos produktų perpylimą Klaipėdos valstybinės naftos įmonės teritorijoje ir leido terminalo pertvarkymui naudoti įmonės uždirbtas lėšas. 1994 metais įsteigta Lietuvos ir JAV akcinė bendrovė “Klaipėdos nafta”, kuri nuo 1995 metų vykdo terminalo rekonstrukciją. Jos projekto . autorius Olandijos firma “TEBODIN”, iš . šešių kompanijų laimėjusi uždarą konkursą . Bendra rekonstrukcijos darbų vertė – apie . 130 mln. JAV dolerių. Olandijos ABN AMRO . BANK yra pagrindinis projekto finansuotojas. Ypatingas dėmesys bendrovėje skiriamas gamtosaugai, priešgaisrinei apsaugai, pažangių naftos ir chemijos produktų transportavimo technologijų taikymui. Todėl tiekiant įrangą konkurso keliu buvo pasirinktos žinomos kompanijos: “Kanon”, “FMC”, “AEG”, “LANCASTER STEEL”, “BORNEMANN”, BAILEY”. Numatyta, kad po rekonstrukcijos, o jos atlikta jau 95 procentai, terminalo darbo pajėgumas išaugs iki 7,1 mln. tonų per metus, rezervuarų talpa – iki 520 tūkst. m3. Rekonstrukcija organizuota taip, kad krovinių siunčiamų per terminalą, srautas nenutrūksta nė vieną dieną. Geležinkelio stotis pajėgi vienu metu priimti 500 cisternų. AB “Klaipėdos nafta” jau tapo vienu moderniausiu ir patraukliausiu terminalu Europoje.