Ignalinos atomines elektrines uždarymas ES skiria ir skirs išimtini demesi branduolines saugos klausimams. 1999 m. Kiolno ES Viršuniu tarybos susitikimas pabreže aukštu branduolinio saugumo standartu Vidurio ir Rytu Europoje svarba Sajungos pletros kontekste. 1999 m. spalio 5 d. Seimas patvirtino nauja Nacionalin energetikos strategij (NES). Vienas iš svarbiausiu atnaujintos Nacionalines energetikos strategijos elementu yra Ignalinos AE stabdymo planas, kuriame numatyta, kad Ignalinos AE pirmas blokas bus uždarytas iki 2005 metu. II bloko uždarymo datos klausimas turi buti sprendžiamas 2004 metu NES. 2000 m. gegužes 2 d. Seimas prieme Ignalinos AE I bloko eksploatavimo nutraukimo statym . 2000 m. birželio 21-22 d.d. Lietuvos Vyriausybe kartu su Europos Komisija ir EBRD surenge tarptautine donoru konferencija. Europos Sajunga isipareigojo skirti 165 mln. Euru finansine ir technine pagalba Ignalinos AE pirmojo bloko uždarymui ir uždarymo pasekmems likviduoti (iskaitant ir finansiniame memorandume numatytas lešas). Konferencijoje dalyvavusios kitos valstybes papildomai numate skirti 29,35 mln. euru i Ignalinos AE eksploatavimo nuraukimo fonda bei 22 mln. euru kitu inašu. 2001 m. sausio 31 d. LR Vyriausybe patvirtino Ignalinos AE pirmojo bloko eksploatavimo nutraukimo program . 2001 m. balandžio 5 d. Londone Lietuvos Respublikos Vyriausybe bei Europos rekonstrukcijos ir pletros bankas pasiraše sutart del Tarptautinio Ignalinos AE eksploatavimo nutraukimo remimo fondo veiklos Lietuvoje. Tai patvirtina tarptautines bendrijos ir ypac Europos Sajungos rupinimasi bei parama Lietuvai. Lietuvos Vyriausybe vertina toki tarptautines bendrijos supratima, jog tik bendromis pastangomis galime pasiekti teigiamu rezultatu. Tai liecia tiek sudetingus finansinius-techninius klausimus, tiek socialiniu-ekonominiu IAE uždarymo pasekmiu aspektus. 2002 m. birželio 11 d. Lietuva ir ES baige tartis del Energetikos skyriaus. Tai reiškia, kad del Ignalinos atomines elektrines buvo pasiektas principinis politinis susitarimas, atveriantis galimybes pradeti konkrecias derybas del pinigu, kurie bus skirti finansuoti jegaines uždaryma ir spresti su tuo susijusias pasekmes. Derybose del IAE Lietuva pasieke svarbu etapa: Europos Sajunga pripažino, kad viena Lietuva nera pajegi uždaryti IAE, todel ES valstybes isipareigoja teikti/testi finansine parama. Parama iš ES biudžeto bus ilgalaike bei papildoma prie strukturiniu fondu (t.y. numatoma atskira biudžeto eilute).
Tai yra svarbus ES valstybiu sprendimas. Ignalinos AE uždarymui 2004-2006 metais atskira eilute siuloma skirti 70 mln. euru kasmet. Tai yra šalia 165 mln. euru, jau skirtu iš ES, ir 50 mln. euru, skirtu iš šaliu donoriu. ES valstybems narems patvirtinus ši Europos Komisijos pasiulyma, Lietuva iki 2006 m. iš ES bei kitu valstybiu donoriu galetu gauti iki 375 mln. euru negražinamos paramos. Atsižvelgdama i tai Lietuva isipareigojo uždaryti Ignalinos AE II bloka 2009 metais. Šis Lietuvos isipareigojimas yra aiškiai susietas su ES parama. ES pareiškimo ištrauka (Briuselis, 2002 06 11) Pripažindamos, kad dvieju 1500 MW RBMK tipo reaktoriu, paveldetu iš buvusios Sovietu Sajungos, uždarymas truks ilgiau nei dabartines finansines perspektyvos, ir kad tai yra išskirtine, neatitinkanti šalies dydžio ir ekonominio pajegumo finansine našta Lietuvai, ES šalys nares, budamos solidariomis su Lietuva, yra pasirengusios testi papildoma reikalinga (adekvacia) Bendrijos parama eksploatacijos nutraukimo pastangoms taip pat ir po Lietuvos istojimo i ES. ES isipareigoja iki baigiantis deryboms sugrižti prie šio klausimo kitame derybiniame skyriuje. Be išankstinio nusistatymo tolimesnes analizes atžvilgiu, ES atkreipia demesi i 2002 m. gegužes 23 d. Stojimo konferencijai pateikta Lietuvos papildoma informacija Energetikos derybiniame skyriuje apie klausimus, susijusius su Ignalinos AE I ir II bloku uždarymu ir uždarymo pasekmes. Lietuvos pareiškimo ištrauka (Briuselis, 2002 06 11) 2002 m. gegužes 23 d. Lietuva pateike Stojimo konferencijai papildoma informacija Energetikos derybiniame skyriuje. Tame kontekste Lietuva patvirtina, kad remiantis 1999 metu spalio 5 d. priimta Nacionaline energetikos strategija, Ignalinos AE I blokas bus uždarytas iki 2005 m. Lietuva sveikina ES deklaracija ir ypac ES pasirengima testi papildoma reikalinga (adekvacia) Bendrijos parama eksploatacijos nutraukimo pastangoms taip pat ir po Lietuvos istojimo i ES. Lietuva aukštai vertina šia solidarumo išraiška ir atsižvelgdama i tai isipareigoja uždaryti Ignalinos AE II bloka 2009 metais. Lietuva tai daro suprasdama, kad velesniame stojimo i ES derybu etape bus sprendžiama del papildomos ES finansines paramos organizavimo programos Ignalinos AE I bloko uždarymui iki 2005 metu ir II bloko uždarymui 2009 metais. Igyvendindama šia programa, Lietuva spres Ignalinos AE uždarymo pasekmes.