Baigęs Daugpilio realinę mokyklą, 1888 m. įstojo į Kauno kunigų seminariją, apsisprendęs darbuotis savo krašte. Uolus K.Jauniaus paskaitų klausytojas stropiai mokėsi lietuvių literatūrinės kalbos. Paskirtas 1894 m. vikaru į Mintaują, pateko į „Varpo” bendradarbių aplinką, kuri skatino jį imtis literatūrinės kūrybos. 1897 m. persikėlęs į Mosėdį, ėmėsi redaguoti Tilžėje leidžiamą „Tėvynės sargą”, kur skelbė nacionalinio judėjimo katalikiškos pakraipos šūkius. 1902 m. Žemaičių vyskupijos konsistorijos teismas uždraudė energingam „bundančios Lietuvos” veikėjui skelbti straipsnius be vyskupo leidimo.
Kaip ir daugelis XX a. pr. susipratusių lietuvių inteligentų, J.Tumas jautėsi pašauktas būti visuomenės švietėju. 1911 m. keliauja į JAV rinkti aukų „Saulės” rūmų statybai Kaune. 1914 m. atvyksta į Rygą redaguoti laikraščio „Rygos garsas”. Grįžęs į Vilnių, 1919 m. stoja dirbti į „Lietuvos aido” redakciją. Rūpinasi visais gimstančios valstybės reikalais. 1922-1929 m. Kauno universitete dėsto lietuvių literatūros istoriją, savo laisvu ir spalvingu pasakojimu sutraukdamas daugybę studentų iš visų fakultetų. Rašo recenzijas kone apie visas naujai išėjusias knygas, teatro spektaklius, dailės parodas, ieškodamas „deimančiukų”.
Pirmieji beletristiniai alegoriniai kūrinėliai, išspausdinti 1896 m. Vaižganto slapyvardžiu, buvo gožiami jo dygios anticarinės publicistikos.
Apsakyme „Rimai ir Nerimai” (1914) besivaržančių kaimynų panašumai suguldyti į žaismingas simetrijas, o skirtumai į ryškių kontrastų paraleles. Tie panašumai ir skirtumai dar po kelis kartus išlaipsniuojami, ataudžiami stačiokiškais dialogais, įstatomi į juokingas situacijas – šitaip visi veikėjai ir įvykiai įgauna perdėtai ryškius kontūrus, tarytum linksmoje karikatūroje. Vaižgantas – moralistas: kiekvienam žmogui duota galimybė pakilti iš savo menkystės, pradėti naują gyvenimą.
Vaižganto prozininko talentą subrandino „Pragiedruliai” (I d. 1918 m., II d. 1920 m.) – gimęs karo metais iš tėviškės ilgesio, vaikystės atsiminimų, artimos laisvės nuojautų. Romanas lipdomas iš atskirų vaizdų -scenų, parašytų skirtingu laiku, kaip korys. Konkretų aplinkos ar įvykio piešinį gaubia politinis bei moralinis komentaras. Pasakojamąją intonaciją nutraukia direktyviniais šūkiais, o kaimo leksiką perskrodžia civilizacijos terminai ir kultūrinės reminiscencijos. Informacinis pranešimas perimtas iš laikraštinės kronikos, ir pozityvistinio scientizmo padiktuoti natūralistiniai aprašymai šakojasi greta poetinių himnų Lietuvos gamtai. Į dabarties vyksmą spraudžiasi pasakos ir legendos.
Parašyti Rusijos imperijos griuvimo metais „Pragiedruliai” kaip nė vienas kitas lietuvių literatūros kūrinys alsavo triumfine istorijos kintamumo dvasia. Čia ryškiausiai koncentruota tautinio atgimimo epochos mąstysena, tikėjimas, veikėjų tipai. Tai sintetinė bundančios Lietuvos panorama, nors pats Vaižgantas sakėsi rašes tik kroniką, kuri, stigdama „literatūrinės vertybės, niekad nestinga istorinės”.
Pirmajame „Pragiedrulių” tome, pavadintame „Gondingos kraštas”, gydytojas Gintautas, varpininkas, „naujalaikio žmogus”, skelbia aktyvumo nuostatą kaip būtiną išsilaisvinimo sąlygą. Visi pagrindiniai šio tomo veikėjai – Šešiavilkiai, Vidmantai, Gintautas – yra gyvenimo reformatoriai, racionaliai veikiantys praktikai, laužantys konservatyvumo tradiciją. Jie realizuoja „Varpo” ir „Vilties” šūkius. Šitie pozityvios veiklos žmonės realiai keičia krašto ekonomiką, politinę ir kultūrinę padėtį, pritraukia į tautinį sąjūdį sumanius žydų prekybininkus ir nutautėjusius dvarininkus, konsoliduoja visuomenę, į kurią turės atsiremti nepriklausoma Lietuvos valstybė. „Gondingos krašto” personažai, perėmė iš autoriaus tautinio idealizmo ir kuriančios energijos impulsus, išlaiko savo charakterių individualumą ir realistinį žemiškumą.
Pirmajame „Pragiedrulių” tome lietuviško ekonominio potencialo kilimą motyvavęs istorinio laiko aplinkybėmis, antrajame tome -„Vaduvų kraštas” – Vaižgantas atsisakė deterministinės logikos ir nukėlė lietuviškumo esmę į slėpiningų pajautų, idealybės potroškių, pirmykščio susiliejimo su gamta sritį.
„Vaduvų krašto” – rašytojo gimtinės – žmonės jaučiasi esą „neatskiriama gamtos dalelė”. Iešmantų Sauliukas, gilių akių, vienišas ir keistas vaikas, dar patamsyje kariasi ant stogo šelmens, kad išvystų saulės tekėjimą. Prasikalus iš rytų pirmiesiems spinduliams, „džiaugsmo šaltis jam ūžteli per nugarėlę”. Ūkininko sūnus, „mažprotis”, anot tėvo, susikuria „savo atskirą pasaulį” iš pasakiškų įsivaizdavimų, vizijų, haliucinacijų. Jo centre stovi saulė – „gamtos majestotas” ir piliakalnis, kur miega Lietuvos kareiviai ir Lietuvos valstybė. Vaikas – romantiškas svajotojas – ėmė „permatyti kiaurai žemę, kaip miega Lietuvos kariuomenė”. Regėjo ten kunigaikščius Vytautą, Kęstutį, Algirdą ir daugelį barzdotų vyrų, susėdusių pamūrėse.
Lietuviui – „gamtos vaikui” – reikalinga pasaka, kuri „kasdienį daro nekasdieniu”, pasak Vaižganto. „Vaduvų krašte” sutelktas kylantis tautos kūrybinis meninis potencialas, kurį gaubia pasakos ir padavimai apie piliakalnius, kurį lydi dainos. Vaižgantas kūrė tautos charakterio įstabumo mitą iš poetizuotų kaimo gyvenimo ir kaimo kultūros klodų.
Lietuvių etninis savitumas – pagrindinė Vaižganto kūrybos problema – meniškiausiai išplėtota apysakoje „Dėdės ir dėdienės” (1920-1921), parašytoje tarsi vienu atsikvėpimu. Čia išlaikytas vienas pasakojimo ritmas ir vientisa stilistinė tonacija, kurios nedrumsčia prieštaringų balsų įtampa. Čia pasiekta darni pusiausvyra tarp panoraminių senojo kaimo nuotraukų ir individualizuoto psichologinio vyksmo. Žodis čia alsuoja tikrumu, nepaliestu literatūrinės stilizacijos.
Vaižgantas apysakoje atskleidė paprasto kaimo žmogaus „aukštą vidinę kultūrą”, jo dvasinio pasaulio sudėtingumą, nesužalotą svetimų įtakos. Apysakos herojai, įstatyti į primityvias baudžiavinio kaimo aplinkybes, sugeba jausti, stebėti ir suvokti save, patirti aukščiausias būties akimirkas. Jų vidinių išgyvenimų subtilumas išsitenka nusistovėjusių darbų, santykių ir papročių metu, natūraliai įsiliedamas į kasdieniškus pašnekesius, kasdieniškus įprastus veiksmus. Vaižgantas pasiekė meninės kalbos vientisumo ir emocinės gelmės, išliedamas elegiškos rezignacijos pasaulėjautą.
Vaižgantas bandė ir „auklėjimo romaną” – „Šeimos vėžiai” (1929) pagrįsti vieno bręstančio charakterio istorija.
Klasikinės novelės užuomazga, darni intrigos plėtotė, psichologinių konfliktų dramatizmas išlaikytas meistriškame realistinio pasakojimo kūrinyje „Nebylys” (1930).
Šviesi Vaižganto asmenybė, kupina meilės ir pasiaukojimo gimtajam kraštui, iškilo tautinio atgimimo simboliu.