Čepkelių raistas plyti Pietryčių (Dainavos) smėlėtosios lygumos pakraštyje, Katros, Ūlos ir Grūdos upių plokščioje takoskyroje, 130 m NN aukštyje. Raistą supa skirtingi lygumos elementai. Vakaruose yra žemyninių kopų masyvas, šiaurėje – neperpustyta smėlėta lygumos dalis, kuri tik 2-3 m aukštesnė už raisto guolio lygumą, rytuose – to paties lygio kaip ir raistas, Katros upės salpa. Tik pietuose Čepkelių raisto riba yra sąlyginė. Čia jis pamažu pereina į Pustelnikės pelkę bei kitus pelkėtus smėlėtosios lygumos plotus, kurie netoli Musteikos kaimo irgi remiasi į kopų ruožą. Dar toliau pietuose, jau Baltarusijos ribose, kur Katra turi gilesnį slėnį, pelkių nėra, o raisto guolio lyguma, ten esanti 128 m NN aukščio, toliau tęsiasi Berštų kryptimi. Į rytus nuo Katros upės raisto guolio 130 m NN lyguma atsiremia į Lydos plynaukštę, kurios pakraščiai pakyla iki 140-150 m NN. Klimato sąlygos. Rezervato teritorijos klimato sąlygos nustatytos remiantis Varėnos ir Druskininkų meteorologijos stočių daugiamečių stebėjimų duomenimis. Saulės spinduliavimas. Čepkelių rezervato ir jo apylinkių teritorijoje metinė suminio spinduliavimo prietaka sudaro apie 45 % Saulės energijos kiekio, kuris pasiekia viršutinę atmosferos ribą. Vasaros mėnesiais išsklaidytojo spinduliavimo suma vos 10-15%mažesnė už tiesioginio spinduliavimo sumą, tačiau nuo spalio iki vasario mėnesio 70-75% Saulės energijos sudaro išsklaidytasis spinduliavimas. Rezervato teritorijoje, kaip ir visame Vilniaus – Varėnos rajone, gegužės – rugpjūčio mėnesiais būna mažesnio tiesioginio ir didesnė išsklaidytojo spinduliavimo prietaka. Tai susiję su didesniu konvekciniu debesuotumu šiame rajone.Atmosferos cirkuliacija ir vėjai. Rezervato teritorijoje vyrauja pietinių rumbųYpač pietvakariniai vėjai, kurių vidutinis greitis 3-3,5 m/s. Šiltuoju metų laiku, susilpnėjus ciklonams, vėjai sumažėja iki 2,5-3 m/s. Jie dažniausiai pučia iš vakarų. Vidutinis metinis vėjo greitis rezervato teritorijoje apie 3 m/s, vos ne du kartus silpnesnis kaip pajūryje. Daug mažiau čia per metus ir dienų su stipriais (daugiau kaip 15 m/s) vėjais – tik apie 6 dienas, tuo tarpu pajūryje – 22-30 dienų.
Terminis režimas. Pietrytinė Lietuvos teritorija, kurioje yra Čepkelių rezervatas, turi savitas klimato sąlygas. Pavasarį ir vasarą vidutinė mėnesinė oro temperatūra čia vidutiniškai 0,5-1,0° aukštesnė negu kituose respublikos rajonuose. Šilčiausio liepos mėnesio vidutinė temperatūra 17,7°C, o šalčiausio sausio – 5,4°C. Nagrinėjamoje teritorijoje anksčiausiai (vidutiniškai rugsėjo pabaigoje) prasideda ir vėliausiai (gegužės antrosios dekados pabaigoje) baigiasi šalnos, t.y. čia trumpiausias laikotarpis be šalnų – apie 130 dienų, net 35 dienom trumpesnis negu pajūryje ir apie 15-20 dienų trumpesnis negu šiaurės ir šiaurės rytų Lietuvoje. Dažnesnės šalnos Varėnos apylinkėse susijusios su čia vyraujančiais šilumai laidžiais, taigi labiausiai naktį atšalančiais, smėlio dirvožemiais. Oro drėgnumas. Vidutinės metinės santykinio drėgnumo reikšmės Lietuvos teritorijoje skiriasi nedaug ir nagrinėjamoje vietovėje sudaro 80-81%. Didžiausios jo reikšmės čia būna lapkričio mėnesį – 90 %. Žiemą jis vidutiniškai sudaro 84-89%, pavasarį, kilant temperatūrai, o dažniau įsiveržus sausoms kontinentinėms oro masėms gegužės mėnesį, sumažėja iki 68 %. Vasaros mėnesiais santykinis oro drėgnumas didėja iš lėto (71-77%), o rudenį gana intensyviai. Atmosferos krituliai ir sniego danga. Čepkelių rezervato apylinkėse, kaip ir visame Pabaltijyje, krituliai susiję su ciklonine veikla, kuri intensyvi visais metų laikais, ypač žiemą. Konvekciniai krituliai net vasarą sudaro nedidelę dalį. Čepkelių rezervato rajone šaltuoju laikotarpiu iškrinta apie 180 mm kritulių, arba 29% metinio kritulių kiekio. Šiltajam laikotarpiui tenka 440 mm kritulių, t.y. net 71% metinio jų kiekio. Per metus daugiausia kritulių būna liepos-rugpjūčio, o mažiausiai sausio-kovo mėnesiais. Sniego atsiranda vidutiniškai lapkričio 20 dieną, o nutirpsta balandžio 9 dieną. Pastovi sniego danga susiformuoja paprastai apie gruodžio 25 dieną ir išsilaiko iki kovo 10-12 dienos. Žiemos čia palyginti šiltos ir dažnai nebūna pastovios sniego dangos. Pagrindinę rezervato dalį, apie 70% ploto, užima Čepkelių raistas (pelkė). Tai viena didžiausių (5858 ha) respublikos aukštapelkių. Čepkelių raistas – labai įdomus ir savitas gamtinis kompleksas. Jam būdingi išsivysčiusios aukštapelkės bruožai. Čepkelių raistas yra pailgos netaisyklingos formos, iš šiaurryčių į pietvakarius nutįsęs masyvas. Tačiau ilgiausia pelkė (14 km) yra vakarų-rytų kryptimi. Pelkės pakraščiai labai vingiuoti, bendras jų ilgis apie 83 km. Vakarinis ir šiaurvakarinis pakraščiai, kur pelkė šliejasi prie aukštų kopų, lygesni. Šiaurinėje dalyje yra trys dideli kyšuliai ( 1,0-2,5 km ilgio ir 200-500 m pločio), atskirti sausumos ruožų. Šiaurrytiniai ir rytiniai pelkės pakraščiai labai vingiuoti, su daugybe nedidelių įlinkių ir kyšulių. Pietrytinis ir pietinis pakraščiai tiesūs. Tik pačiame pietvakariniame kampe į pelkės masyvą giliai, apie 2 km, įsiterpia sausuma, o greta yra panašaus dydžio pelkės įlinkis. Vidurinėje pelkės masyvo dalyje ir visame pietiniame jo pakraštyje gausu įvairaus didumo salų (grendų). Tai kontinentinių kopų likučiai. Daugelis jų yra pailgos formos, vieną du metrus iškilusios virš pelkės paviršiaus. Pavienės ir grupėmis ovališkos grendos pūpso visame šiauriniame pelkės pakraštyje. Iš viso pelkėje priskaičiuojama 80 salų ir salelių. Salos suteikia pelkiniam kraštovaizdžiui specifinių bruožų, yra estetiniai kraštovaizdžio komponentai. Jos išsiskiria dirvožemiu, brandžiu miško medynu ir gyvūnija. Čepkelių raisto vietovaizdis yra pelkėta, smėlėta, plokščia lyguma. Pelkėje paplitusios oligotrofinės, mezotrofinės ir eutrofinės augalų bendrijos. Didžiausią plotą užima aukštapelkinės bendrijos. Rytinėje pakilioje dalyje plyti fuskuminė plynė, kurioje vietomis pasitaiko įvairaus didumo duburių kompleksų ir pavienių ežerokšnių. Dabar fuskuminė plynė pasausėjusi ir smarkiai apaugusi viržiais. Vakarinėje pelkės dalyje tvyro mediuminiai plynraisčiai su kimininių švylynų plotais. Mediuminiai ir švylingi plynraisčiai tarpsta ir pelkės pietryčiuose. Čepkelių raistas – sudėtingas ir įvairiarūšis pelkinis masyvas. Po kemsais, apaugusiais gailiais ir viržiais, aptinkami storoki aukštapelkinių ir plonesni žemapelkinių durpių klodai. Raisto durpių sluoksnyną sudaro plonas ežerinių nuosėdų sluoksnis ir įvairios durpių rūšys. Didžioji klodo dalis yra nevienodai susiskaidžiusios aukštapelkės, o mažoji – labai susiskaidžiusios plynraistinės žemapelkės durpės. Storiausi ir sudėtingiausi durpių klodai aptinkami rytinėje pelkės dalyje, daugiausia buvusių ežerų vietose. Jų storis neretai yra 5-6 m. Šie klodai daugiausia aptinkami supelkėjusios sausumos plotuose. Tokių sluoksnių nedaug, vyrauja plonesni, labiau susiskaidžiusių apie 2 m storio durpių sluoksniai. Pietvakarinėje pelkės dalyje aptinkami vidutiniškai susiskaidžiusių, maždaug 3 m storio žemapelkių durpių sluoksniai. Dugno pažemėjimuose ( po durpėmis ) slūgso ežerinės nuosėdos, sudarytos iš detritinių, molingų ir karbonatingų sapropelių. Į pietus nuo Ešerinio ežero aptiktas 0,5 m storio limninio molio sluoksnis. Iš ežerinių nuosėdų ypač paplitę detritiniai sapropeliai, kurių viršutiniuose sluoksniuose gausu vandens augalų – nendrių, švendrų, meldų, lugnių, vandens lelijų ir kt. – atplaišų. Šių sluoksnių storis įvairus, nuo 0,25 iki 2,5 m. Detritiniai sapropeliai susitelkę ežerinių nuosėdų viršutiniuose sluoksniuose. Po jais slūgso molingi sapropeliai, kurie dažnesni pelkės pietrytinėje dalyje. Raisto sluoksnyne per visą holoceno laikotarpį susiklostė 17 žemapelkių, 12 aukštapelkių ir 8 tarpinio tipo durpių rūšys. Ne visos susikaupusios durpės būdingos pelkei,tačiau jos rodo tam tikro laikotarpio augalų bendrijų, augimvietės klimatines bei ekologines sąlygas. Aukštapelkėms, kurios yra aukštesnės raidos pakopos, būdingos fuskuminės durpės, susitelkusios rudųjų kiminų (furkuminėse) plynėse. Čepkeliuose ši durpių rūšis gana gausi, ypač iškiliausioje aukštapelkės dalyje. Fuskuminės durpės daugiausia nestorais 0,50-0,75 m tarpsluoksniais įsiterpusios į kitas oligotrofinių durpių rūšis, todėl ištisinės jų storymės neaptikta. Jos dažnai susiklosčiusios ant mediuminių ir nelabai susiskaidžiusios (10-20%) (labai susiskaidžiusių raiste nerasta). Šių durpių sluoksniuose dažni lokaliniai, ploni švyliniai ar liūnsarginiai įtarpiai. Fuskuminių durpių botaninė sudėtis gana vienoda: vyrauja (iki 70%) rudojo kimino atplaišos, dar yra magelaninio, siauralapio ir labai retai baltinio kimino bei kupstinio švylio likučių. Čepkelių raisto centrinei daliai būdingos grynos fuskuminės durpės, pradėjusios formuotis prieš keliolika tūkstantmečių. Kita dažna durpių rūšis, kuri telkiasi 1,5-3,0 m gilumoje, yra mediuminės durpės. Arčiau pelkės pakraščių jos yra viršutiniuose klodo sluoksniuose. Šių durpių apie 1 m storio sluoksnis dažniausiai slūgso ant švylingų, rečiai – ant žemapelkinių durpių. Iš viršaus jas dažniausiai dengia fuskuminės durpės. Mediuminių durpių sluoksniuose aptikti liūnsarginių kimininių durpių tarpsluoksniai, būdingi šio raisto klodams. Mediuminių durpių pagrindinis durpojas yra magelaninis kiminas, kurio likučiai sudaro 65-95%, taip pat gausu rudojo ir siauralapio kimino. Iš žolinių augalų yra nedaug gerai išsilaikiusio kupstinio švylio, mažiau liūnsargės plaušų. Sluoksnio paviršiuje pasitaiko gegužlinio atplaišų. Mediuminių durpių botaninė sudėtis Čepkelių raisto klode esti dvejopa. Tai grynos mediuminės durpės, paplitusios centrinėje pelkės dalyje ir slūgsančios po fuskuminėmis durpėmis, ir viržingos, susitekusios arčiau aukštapelkės pakraščių, ir esančios vidutinio gylio sluoksniuose. Pastarųjų durpių sudėtyje daug daugiau viržinių augalų atplaišų, jos labiau susiskaidžiusios. Žemapelkinių durpių rūšių aptikta net 17. Daugiausiai žemapelkės durpių yra raisto pietvakarinėje dalyje, tačiau nemažai jų slūgso ir po storais aukštapelkiniais sluoksniais. Medieninės – viksvinės durpės raiste gausiausios, telkiasi 1-2 m gylyje, ištisais sluoksniais. Giliau šios durpės sudaro lęšius. Jose yra įvairių viksvų – laibosios, snapuotosios, šeriuotosios, stačiosios, rečiau apvaliosios, liūninės bei kupstinės – atplaišų. Gausios alksnio, rečiau beržo ir pušies liekanų. Medieninės – viksvinės durpės klostėsi viksviniuose plynraisčiuose. Priklausomai nuo augimvietės ekologinių sąlygų durpės susikaupė įvairiame gylyje ir turi nevienodą botaninę sudėtį. Storymės viduryje yra laibosios viksvos medieninės – viksvinės durpės, snapuotosios viksvos durpės kaupėsi paviršiuje. Medieninės – viksvinės durpės, slūgsančios po storais aukštapelkiniais klodais, daugiausiai sudarytos iš šeriuotosios viksvos durpojų ir yra vidutiniškai susiskaidžiusios. Iš samaninių durpių ypač paplitusios žaliasamanės, kurios slūgso pačiuose apatiniuose sluoksniuose. Pelkės viršutiniuose sluoksniuose telkiasi nelabai susiskaidžiusios žaliasamanės durpės. Čepkelių raisto pietrytinėje dalyje nemažai rasta liūnsarginių durpių, kurios neretai slūgso prie pat limnotelmatinio kontakto. Kitos žemapelkės durpių rūšys retai aptinkamos. Tarpinio tipo durpės raiste sudaro plonus sluoksnius ir slūgso toje vietoje, kur aukštapelkės klodai ribojasi su žemapelkės. Tarpinio tipo augalijos plotuose šios durpės yra klodo viršutinėje dalyje. Labiausiai iš tarpinio tipo durpių paplitusios liūnsarginės, kurios dažniausiai slūgso po aukštapelkės durpėmis. Kitų šio tipo durpių aptinkama rečiau.Tarpinių durpių slūgsojimo vieta bei stratigrafija priklauso nuo pelkės vystymosi. Čepkelių raistas oligotrofinę stadiją pasiekė ne vienu laiku, todėl šios durpės aptinkamos nevienodame gylyje. Augalija. Čepkelių rezervate, kaip ir visoje Pietryčių Lietuvoje, miškai – daugiausia pušynai. Pušynas tarytum be krašto ir be galo. Tačiau įgudęs keliautojas, juo labiau miškininkas ar biologas, ir čia pastebės didelę įvairovę. Antai kadaise vėjo pustytos kopos apaugusios retomis kuplesnėmis pušelėmis, po kuriomis tarytum patiestas pilkas elninių šiūrių ir kitokių kerpių kilimas. Tai kerpšilis. Tarpkalvėse pušys lieknesnės, aukštesnės, po jomis žaliuoja bruknės, kai kurios samanos. Čia jau brukninis pušynas, arba brukniašilis. Čepkelių prieigose dar pamatysime viržiašilių, skaistšilių (su mėlynėmis) ir kitokių šilų. Pušis nelaibai reikli tiek dirvos, tiek drėgmės atžvilgiu. Pelkės pakraštyje irgi rasime pušį beaugant. Šiuose pušynuose-šilabaliuose – jos palydovas yra gailis, vaivorai, viržiai, švyliai, balažuvės. Čepkeliuose gerokai mažiau eglynų. Eglės šaknų sistema paviršinė, dėl to kopų smėlynuose jai nepakaktų drėgmės. Eglės auga slėniose vietose, daugiausia pietinėje rezervato dalyje, tarp raisto ir Katros upės. Vis dėlto ne eglę, bet beržą tenka laikyti vienu iš pagrindinių (po pušies) Čepkelių medžiu. Grynų beržynų čia tik nedideli ploteliai, bet beržas gerai auga ir su pušimi, nes ant žemesnių kopų kartu užsiropščia, auga ir su egle, juodalksniu, įsiterpia tarp karklų žemapelkėje, o ir aukštapelkėje tarp neužaugų pušaičių jo kamienai baltuoja. Miškotvarkininkų duomenimis, Katros girininkijos 143 kvartale yra apie 80 metų beržynų. Apželdinant iškirstus arba išdegusius plotus, tarp pušų kultūrų sodinamos ir beržų juostos. Palei Katros upę ir šlapesniuose pelkės pakraščiuose auga juodalksniai. Pažymėtina, kad šiuose kraštuose auga tik juodalksnis; jo giminaičio – baltalksnio – arealas Čepkelių nesiekia. Iš kitų medžių rezervato teritorijoje paminėtini drebulės, uosiai, ąžuolai, bet didesnių medynų jie čia nesudaro. Yra ir šermukšnių, bet jie neaukšti. Katros kaime bei pakelėse matyti ir liepų, gluosnių, kai kurių kitų rūšių medžių, tik juos čia pasodino žmogus. Iš krūmų pirmiausia reiktų paminėti kadagius. Kadagys – nelepus augalas, neišrankesnis už pušį. Jo niekas nesodina, įsikuria pats net pustomuose smėliuose. Ypač gražūs kadagiai atvirose vietose – tiesūs, siauralajai; tankiame miške jie keroja, neišvaizdūs. Kaip ir visose “balose”, Čepkeliuose gausu karklų. Jų ypač daug pelkės pakraščiuose nuo Pogarendos kaimo pusės. Karklai čia taip sužėlę, kad pro jų šabakštynus sunku prasibrauti. Čepkelių karklynai dar labai mažai tyrinėti, jų esti labai įvairių. Čia labiausiai paplitęs pilkasis karklas, yra nemažai gluosnių virbių, taip pat blindžių. Sausesnėse pievutėse, durpingame dirvožemyje, auga žemi pelkinio karklo krūmeliai. Šalia raisto auga gana daug lazdynų, yra europinių bei karpotųjų ožekšnių, kai kur šunobelių. Ten, kur visą laiką pakanka drėgmės, gausiai želia šaltekšniai, o rudenį galime pasigrožėti ir pasmaguriauti raudonomis putinų uogomis. Pelkėse, tuo labiau aukštapelkėse, medžiai ir krūmai prastai auga. Čia – krūmokšnių – pasaulis. Didžiausius Čepkelių raisto plotus užkariavę viržiai. Pelkės pakraštyje, kur daugiau drėgmės, viržius tik ant kupsto tepamatysi, o pelkės viduryje jie dengia ištisus plotus. Čepkelių raiste nereta ir siauralapė balžuva, vadinama gražiu lotynišku vardu – Andromeda. Vis dėlto visų puošniausias yra gailis. Čepkelių rezervato žolinių augalų sąrašas dar nepilnas, ne visos rūšys yra suskaičiuotos ir aprašytos. Šilų ir pelkių augalija yra palyginti skurdi ir negali prilygti augalų įvairovei mišriuose miškuose, natūraliose pievose, upių slėniuose. Bet rezervate auga šilagėlės, žydi linažolės, čiobreliai, įvairios našlaitės, stačioji guboja. Čepkelių raisto pakraščiuose galima pamatyti žeme besidriekiančius pataisus, pelkėje labai daug švylių, sutinkamos baltosios saidros ir pelkinės liūsargės. Kiminai dengia kone visą pelkės paviršių. Daugeliui Čepkelių vardas siejasi su uogomis. Pirmiausia prisirpsta žemuogės, bet jų didesnių plotų nėra. Vėliau sunoksta ir mėlynės. Daugiausia jų skaistašiliuose. Pelkėse gausu ir vaivorų. Auga ir bruknės, tačiau pagrindinė rezervato uoga – spanguolė. Čepkelių raisto spanguolynus jau daugelį metu tyrinėja Botanikos instituto augalų resursininkų grupė. Čia rasta labai savitos formos uogų, kai kurios iš jų stambesnės už įprastines. Čepkeliuose paplitę drugiai šiaurinis satyras ir šiaurinis perlinukas, tik čia randamas reliktinis sprindis, sutinkami ir pelkiniai gelsviai. Čepkelių raisto emblema – kurtinys. Kurtinys – mūsų girių karalius. Čia išliko juodieji tetervinai. Tankumynuose noriai žeme bėginėja jerubės. Anksti ryte galima išgirsti gervių klyksmą. Nors ir nemaži Čepkeliai, bet gervių negausu. Gervės – tai ne vienintelės raisto šokėjos. Vietomis galima pastebėti gaidukų šokių – turnyrų aikšteles. Yra ir kitų tilvikų rūšių, tai: brastinis tilvikas, perkūno oželis, slanka. Aukštai eglėje atsitūpęs, skardžiai girda strazdas giesmininkas. Krūmynuose jau pragydo ir juodasis strazdas. Paraistėse galima pamatyti ir didžiausią Lietuvoje amalinį strazdą. Aptinkama ir kitų paukščių giesmininkų: devynbalsių, lipučių, musinukių, karetaičių. Kartais galima pamatyti ir plėšriąją medšarkę. Dažnai galima pamatyti ratu skriejančius suopius. Labai retai čia galima pamatyti ir labai retu tapusį Lietuvoje mažąjį erelį -–rėksnį. Praeityje Čepkeliai buvo garsūs gyvatynais. Dabar gyvačių sumažėję. Raisto pakraščiais gyvena žalčiai, tik jų nelabai daug. Tikra Čepkelių įžymybė – žalieji gyvavedžiai driežai. Gyvavedis driežas, lygusis žaltys ir gluodenas, veda gyvus jauniklius. Čepkeliuose žvėrių nelabai gausu. Žiemą gluosnių, beržų, pušaičių viršūnes mėgsta skabyti briedžiai. Stirnų čia taip pat negausu. Daugiau jų tik pakraščių krūmynuose. Už tai čia gali sutikti dabar jau retą kitose Lietuvos vietose baltąjį kiškį.Vienas iš nedaugelio nepageidaujamų rezervato gyventojų yra mangutas, kuris išnaikina daugiau žvėrelių ir paukštelių už lapę. Žiemą raisto pakraščiuose galima aptikti kiaunės ir šermuonėlio pėdsakus. Gudų girioje galima aptikti ir vilkų, lūšių pėdsakų. Čepkelių raisto viduryje telkšo keli nedideli ežeriukai. Juose daug dumblo, tačiau mažai vandens augalų ir dar mažiau žuvų. Ešerinio ežerėlyje nuo seno yra ešerių. Ne visai paprasti ešeriai – juodi, nedidukai. Tikėsimės, kad ateityje Čepkelių fauna gerokai paįvairės, kartu pagausės gyvūnų ir plačiose jos apylinkėse.